L’arcipelago è composto dalle isole di:

San Domino, la più grande, dedita al turismo dove è presente l’unica spiaggia sabbiosa dell’arcipelago (Cala delle Arene).
San Nicola, ivi risiede la maggior parte della popolazione, è il gioiello storico-artistico dell’arcipelago.
Capraia, o Caprara o Capperaia, la seconda per grandezza, completamente disabitata.
Il Cretaccio, anziché la più piccola isola dell’arcipelago può essere considerato il suo più grande scoglio, è un gigantesco cumulo di creta incastonato tra San Domino e San Nicola.
Degno di nota, al fianco del Cretaccio, lo scoglio chiamato la Vecchia.
Pianosa, distante una ventina di chilometri dalle sue “sorelle maggiori”, si presenta come un pianoro roccioso in mezzo ai flutti del mare, anch’essa completamente disabitata.

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San Domino: Superficie in ettari 208.
E’ la più bella delle Isole e la più attrezzata turisticamente. Il suo aspetto è davvero molto suggestivo, con le sue insenature, la pineta che arriva fino al mare, il “boschetto del diamante” ricco di pini ed altra vegetazione. Il suo nome deriva da una chiesa dedicata al Vescovo e martire San Domino. Ricca di grotte (famosa quella del Bue Marino), sulle sue rupi volano il Falco della Regina, il Falco Pellegrino e le Diomedee;
San Nicola: Superficie in ettari 42.
E’ l’Isola capoluogo, nonchè centro storico, amministrativo e religioso dell’intero arcipelago. Il nome deriva da un eremita che avrebbe costruito proprio quì una cappella in onore del Santo Marinaio. Nella parte occidentale troviamo costruzioni civili, torri, castelli ed antiche mura. a sud ovest un piccolo porticciolo dotato di fortificazioni. Sulla sua sommità c’è un pianoro, dove sorge il centro abitato e l’Abbazia di S. Maria a Mare fondata dai benedettini di Montecassino. E’ presente sull’Isola una necropoli greco – romana, che conserva diverse tombe scavate nella roccia e di forma geometrica. I sepolcri sono tipici del periodo neolitico. Al centro della necropoli vi è una tomba diversa dalle altre che pare sia la tomba di Diomede, eroe greco approdato in queste isole dopo la guerra di Troia;
Capraia: Superficie in ettari 44.
E’ a seconda isola per estensione. Il suo nome deriva dalle abbondanti piante di capperi. Un tempo boscosa, ora rocciosa ha un aspetto selvaggio ed è del tutto disabitata. E’ la nicchia ecologica dove gran parte della fauna acquatica del mare Adriatico trova la possibilità di riprodursi. Le pareri sottomarine delle roccie sono tappezzate di spugne ed alghe, mentre il fondale è ricco di specie di pesci pregiati.
Cretaccio: Superficie in ettari 3.
Scoglio giallo di natura argillosa a forma di mezza luna. E’ privo di vegetazione e si protende nel mare come fosse un fuso. La leggenda la vuole popolata di fantasmi;
Pianosa: Superficie in ettari 11.
E’ poco più di uno scoglio di colore bianco posto a circa 20 km dalle altre quattro ed è riserva marina integrale dove molte specie acquatiche possono riprodursi. Secondo la leggenda una vecchia di notte fila la lana tra cielo e mare;